Chuyển nhượng đất của cơ sở tôn giáo

Em có nhận chuyển nhượng một phần đất của chùa đang sử dụng, là loại đất trồng lúa, hợp đồng, thủ tục đã hoàn chỉnh và gửi đến Sở TNMT tỉnh, sau đó họ đã trả lại hồ sơ, lý do hợp đồng e ký sau khi Luật đất đai 2013 đã có hiệu luật pháp luật (điều 181 quy định cơ sở tôn giáo không được thực hiện quyền chuyển nhượng đất). Sau đó e có hỏi thăm, có người nói rằng Chỉ thị 1940 năm 2008 của Thủ tướng Chính phủ "về nhà đất có liên quan đến cơ sở tôn giáo" còn có hiệu lực (quy định đất nông nghiệp thì được quyền chuyển nhượng). Cơ bản là Luật thì có hiệu lực cao nhất, nhưng Chỉ thị 1940 vẫn còn hiệu lực, như vậy giải quyết như thế nào thì đúng?