Mất hồ sơ hoàn công làm sao góp vốn bằng bất động sản

Chào luật sư, Tôi có một vấn đề cần hỏi mong luật sư tư vấn giúp, năm 2000 Giám đốc công ty tôi có xây dựng một khu chợ do giám đốc đứng tên chủ sở hửu. Sau khi xây xong nhà thầu đã làm hồ sơ hoàn công đầy đủ nhưng không giao cho giám đốc tôi. Nay giám đốc tôi muốn đem khu chợ góp vốn vào Công ty (Công ty tôi có giấy phép kinh doanh quản lý chợ và đầu tư bất động sản). Vậy nếu không có hồ sơ hoàn công thì thủ tục chuyển nhượng có hợp lệ? Nếu không hợp lệ chúng tôi cần làm những thủ tục gì? vì nhà thầu đã trốn mất. Vấn đề thứ hai là Công ty chúng tôi muốn xuất hóa đơn ghi nhận doanh thu từ việc cho thuê các kiot, như vậy có được không vì chủ sở hữu là giám đốc chứ không phải Công ty? Mong luật sư cho hướng giải quyết vì Công ty cũng muốn ghi nhận doanh thu và đóng thuế trên khoản thu nhập này. Cám ơn luật sư nhiều.