Cơ quan tổ chức có được đưa ra nội quy riêng trái với luật lao đông?

Em làm việc cho một tổ chức phi chính phủ của Việt Nam. Ký hợp đồng lao động 1 năm một, đến tháng 30/9/2010 em chấm dứt hợp đồng lao động cũ, và cơ quan có gửi bản hợp đồng lao động mới (bản file mền không có ký và đóng dấu) tới 30/9/2011 nhưng em chưa ký. Từ đó đến nay em vẫn làm việc ở cơ quan và nhận lương nhưng không có hợp đồng lao động và phía cơ quan cũng không bắt ký hợp đồng. Đến 12/01/2011 em làm đơn xin nghỉ việc báo trước 30 ngày tức 12/02/2011 em sẽ chính thức nghỉ làm khi đã bàn giao xong cho người kế nhiệm. 1.Giám đốc cơ quan đã chấp nhận đơn và cho em nghỉ nhưng bắt em phải bồi thưởng 2 tháng lương theo hợp đồng lao động (mà 2 bên chưa ký). Nhưng ngày 21/01/2011 thì giám đốc gọi em qua phòng (mắng chửi với lời lẽ không hay) và cho em thôi việc luôn ngày hôm đó. Và tuyên bố không trả lương tháng 01/2011 cho em, không tính thưởng tết tháng lương thứ 13 cho năm làm việc 2010 cho em. 2. Hiện cơ quan còn giữ 01 bằng đại học của em (do quy định khi vào làm việc người lao động phải đặt bằng gốc hoặc 2 tháng lương) và bắt em bồi thường 2 tháng lương thì mới trả bằng. Em không muốn làm to chuyện mà chỉ muốn lấy lại cái bằng và trung tâm trả tiền lương theo đúng số ngày cong em đã làm việc trong tháng 01/2011. Vậy em nên có những động thái gì về phía trung tâm trả lại bằng và tiền lương cho em. Em gửi kèm đây bản nội quy, quy định của trung tâm rất mong anh chị xem và tư vấn hỗ trợ em.