Doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu từ nội địa cho sử dụng và xuất khẩu

Doanh nghiệp chúng tôi (tạm gọi là công ty S1) là doanh nghiệp chế xuất, nằm trong khu công nghiệp Thăng Long, Hà Nội, ngành nghề kinh doanh chuyên về sản xuất động cơ điện, hiện tại không có “kinh doanh xuất nhập khẩu”. Nay công ty muốn mua 1000 bộ linh kiện từ doanh nghiệp Việt Nam (đã làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ từ doanh nghiệp Việt Nam ra cho công ty S1) sau đó sử dụng 500 bộ cho sản xuất, 500 bộ còn lại xuất khẩu cho công ty S2 tại Thái Lan (cùng tập đoàn S). Chúng tôi cũng định xin bổ sung ngành nghề kinh doanh: kinh doanh xuất nhập khẩu, và xin giấy phép Ban quản lý khu công nghiệp (chúng tôi không phân phối vào thị trường Việt Nam nên dự định không xin phép Bộ Công Thương để thực hiện quyền phân phối mà chỉ xin quyền xuất khẩu). Sở dĩ công ty S2 Thái lan không làm việc trực tiếp với doanh nghiệp Việt Nam nội địa vì nhiều khi đơn hàng quá ít, doanh nghiệp Việt Nam không nhận, hoặc công ty S1 còn xuất cho một số công ty S khác thuộc cùng tập đoàn cho khu vực châu Á. Xin hỏi: 1. Có được phép xuất 500 bộ linh kiện cho công ty S2 Thái lan nếu đã có giấy phép kinh doanh xuất nhập khẩu? Làm thủ tục xin giấy phép trước hay bổ sung ngành nghề kinh doanh vào giấy chứng nhận đầu tư trước?   2. Có phải hạch toán riêng để vẫn hưởng ưu đãi dành cho doanh nghiệp chế xuất (thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế VAT, quy chế khu chế xuất không phải chịu thuế nhập khẩu). Bởi vì chúng tôi rất sợ do bổ sung ngành nghề kinh doanh mà mất đi những ưu đãi đầu tư đang được hưởng, lúc đó thì cái lợi thu được từ hoạt động xuất nhập khẩu không bằng cái thiệt do bị mất ưu đãi đầu tư. 3. Khi bổ sung ngành nghề kinh doanh xuất nhập khẩu trong Giấy chứng nhận đầu tư, có phải ghi chi tiết những mặt hàng được phép nhập khẩu không (chúng tôi chỉ nhập linh kiện để sản xuất mô tơ điện). Do chúng tôi tham khảo một giấy phép đầu tư của một công ty dệt may thì trong Giấy phép đầu tư (đã bổ sung) họ ghi rõ là “Thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu các hàng hóa” rồi liệt kê tới 4 trang các loại hàng hóa với nhóm mã 4 chữ số. Nhưng đến cuối trang dòng “lưu ý” họ lại ghi là “Quyền xuất khẩu không bao gồm hoạt động xuất khẩu các hàng hóa do Công ty nhập khẩu vào Việt Nam”. Đọc xong tôi cũng không hiểu câu lưu ý trên nghĩa là gì vì công ty S1 chúng tôi nhập từ doanh nghiệp nội địa Việt Nam rồi bán cho công ty S2 Thái Lan, chiếu theo phần lưu ý nói trên thì hoạt động này bị cấm? 4. Thủ tục hải quan trong trường hợp này vẫn bình thường như doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa do mình sản xuất ra hay có sự khác biệt? Mong được các luật sư tư vấn, tháo gỡ vướng mắc.