Nhờ Luật sư tư vấn về Chi phí giá thành không hợp lệ

Thưa Luật sư, Hiện nay Công ty chúng tôi đang thực hiện làm hợp đồng khoan thăm dò với 1 Công ty A. Giá trị HĐ là 06 tỷ, trong quá trình làm Công trình, CTy thuê một số tổ khoan cá nhân thực hiện công việc này (CTy khoán gọn công việc cho các đội khoan này). Việc thuê đội khoan này với giá rất thấp và không có bất cứ hoá đơn chứng từ nào hợp lệ để công ty chúng tôi hạch toán. Tức CTy không có đầu vào cho công trình này. Vậy xin nhờ Luật sư tư vấn: liệu khi xuất hoá đơn cho bên A mà không có đầu vào cho công trình này có sai phạm pháp luật không? Nếu sai phạm thì cách khác phục nào là hiệu quả nhất. Rất mong luật sư giúp đỡ !