Lương thoả thuận với người lao động

K/g : Luật sư, Xin vui lòng tư vấn giùm như sau: Cty chúng tôi là Cty TNHH có 2 thành viên. Cty chúng tôi có ký hợp đồng lao động với nhân viên theo bảng lương do Doanh nghiệp và người lao động thoả thuận, không theo bảng lương của Nhà nước. Trong tổng lương thực nhận, chúng tôi có thoả thuận chi tiết từng mức phụ cấp mà người lao động sẽ được nhận như lương. Cụ thể như sau: ví dụ lương của Nguyễn Văn A: nhân viên văn phòng: gồm  - Lương cơ bản : 1.100.000 đ - Phụ cấp trách nhiệm : 880.000 đ ( =80* lương cơ bản) - Phụ cấp cơm trưa : 300.000 đ - Phụ cấp công tác phí : 400.000 đ - Phụ cấp xăng dầu : 400.000 đ - Phụ cấp hao mòn xe : 120.000 đ - Phụ cấp khác ( thu hút nhân viên, đắt đỏ ...) : 300.000 đ ==> Tổng lương thực nhận là : 3.500.000 đ . Hiện nay Cơ quan thuế đang quyết toán thuế từ 2004 đến 2007 với Cty chúng tôi . Trong đó phần chi lương họ loại ra 1 số phụ cấp như : phụ cấp xăng dầu , phụ cấp hao mòn xe, phụ cấp khác . Đối với phụ cấp xăng dầu họ đòi có hoá đơn tài chính của người lao động khi đổ xăng xe. Ngoài ra, Cán bộ thuế còn nói không đồng ý "tổng các khoản phụ cấp" lại cao hơn "tiền lương cơ bản". Xin hỏi : 1/. Có quy định nào bắt buộc "tiền lương cơ bản" phải cao hơn " tổng phụ cấp" ? 2/. Cty chúng tôi thoả thuận với người lao động trả lương như bảng lương ở trên: có phù hợp với pháp luật không? Và được xem là "Chi phí hợp lý, hợp lệ" khi xác định thuế Thu nhập Doanh nghiệp không? 3/. Đối với "phụ cấp xăng dầu" trả bao gồm trong tiền lương : có bắt buộc người lao động cung cấp hoá đơn tài chính không? 4/. Nếu các khoản phụ cấp ở trên mà Cán bộ thuế loại ra không đúng quy định, chúng tôi có thể khởi kiện Cán bộ này được không? ở đâu? Cám ơn. Trân trọng .