Chi phí tư vấn lựa chọn nhà thầu trong trường hợp Chỉ định thầu thi công xây dựng

Vừa qua, Công ty Chúng tôi có ký hợp đồng Tư vấn lập Hồ sơ yêu cầu để chỉ định thầu gói thầu thi công xây dựng công trình (gói thầu dưới 1 tỷ đồng). Chi phí tư vấn lập HSYC này được tính theo Chi phí tư vấn lựa chọn nhà thầu thi công xây dựng trong Văn bản số 1751/BXD-VP của Bộ xây dựng ban hành. Chúng tôi đã hoàn thành xong hợp đồng tư vấn này (gồm việc lập HSYC và Báo cáo đánh giá HSĐX theo qui định và Chủ đầu tư đã có Quyết định phê duyệt Chỉ định thầu). Sau khi hoàn thành nghiệm thu hồ sơ và thanh lý hợp đồng với Chủ đầu tư. Phía Kho bạc Nhà nước chịu trách nhiệm thanh toán chi phí tư vấn này không đồng ý thanh toán chi phí tư vấn lập HSYC này và giải thích rằng chi phí này thuộc Chi phí Quản lý dự án chứ không phải Chi phí tư vấn lựa chọn nhà thầu như qui định trong văn bản số 1751/BXD-VP. Vậy tôi xin hỏi lời giải thích của phía Kho bạc nhà nước có đúng không? và Chúng tôi làm cách nào để có thể thanh toán được Chi phí tư vấn mà mình đã thực hiện?