Thanh toán khối lượng chênh lệch giữa hồ sơ mời thầu và hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công

Tôi đang công tác tại Ban quản lý Làng văn hoá - Du lịch các dân tộc Việt Nam. Xin hỏi Bộ xây dựng vấn đề sau: Chúng tôi có một gói thầu xây lắp được ký hợp đồng vào cuối năm 2007. Thời hạn thực hiện hợp đồng đến tháng 2/2010. Hợp đồng được lựa chọn qua đấu thầu, loại hợp đồng điều chỉnh giá. Hiện có sự sai khác khối lượng hạng mục cọc khoan nhồi giữa bản vẽ thi công được duyệt và khối lượng trong Tiên lượng mời thầu. Khối lượng thiết kế > Tiên lượng mời thầu là 360md cọc khoan nhồi. Trị giá khối lượng chênh lệch này khoảng 2 tỷ VNĐ. Trong tập chỉ dẫn nhà thầu có đoạn viết đại ý là: "Nhà thầu phải nghiên cứu kỹ hồ sơ thiết kế và khối lượng mời thầu. Nếu không phát hiện ra khối lượng chênh lệch thì được hiểu rằng nhà thầu đã tính khối lượng trên vào trong đơn giá và nhà thầu phải thi công theo đúng hồ sơ thiết kế mà không được thanh toán khối lượng phát sinh thuộc loại này." Trong hồ sơ đấu thầu, Nhà thầu không phát hiện ra sự chênh lệch khối lượng này nên không có thư hoặc bảng tính khối lượng bổ sung trong hồ sơ dự thầu. Hiện tại nhà thầu đã thi công xong khối lượng cọc khoan nhồi trên đúng theo hồ sơ thiết kế. Tuy nhiên tại Điều 49 nghị định 58/2008/ND-CP ghi rõ: "Trường hợp khối lượng công việc thực tế mà nhà thầu đã thực hiện để hoàn thành theo đúng thiết kế nhiều hơn khối lượng công việc nêu trong hợp đồng, nhà thầu được thanh toán cho phần chênh lệch khối lượng công việc này." Vậy Nhà thầu có được phép thanh toán giá trị khối lượng chênh lệch trên không?