Hỏi về thay đổi trị giá hàng xuất khẩu miễn thuế sau một thời gian xuất khẩu.

Xin Luật sư tư vấn một việc sau: Công ty tôi 100% vốn đầu tư nước ngoài, hoạt động theo doanh nghiệp công nghiệp, sản phẩm của chúng tôi xuất khẩu 98%, làm theo loại hình XSXXK, Hàng được miễn thuế . nhưng có 1 số lô hàng, Sau 1 thời gian thì chúng tôi mới phát hiện ra đã có sự nhầm lẫn trong khi xác định trị giá hàng và báo cho khách hàng biết, Bên khách hàng đồng ý thanh toán theo trị giá đúng. Chúng tôi đã tiến hành sửa lại Hóa đơn thương mại và hàng tháng chúng tôi có lập bù trừ công nợ giữa hai bên mua bán, Nhưng chúng tôi không sửa lại tờ khai HQ vì nghĩ đấy là hàng miễn thuế nên không ảnh hưởng gì. trị giá sau khi sửa lại đã được hai bên xác nhận với nhau qua bù trừ công nợ, và hàng tháng chúng tôi vẫn dùng bù trừ công nợ để làm chứng từ thanh khoản thuế với cơ quan Hải quan, và được cơ quan Hải quan chấp nhận mà không yêu cầu phải sửa trị giá trên tờ khai. Vậy tôi xin hỏi : S ắp tới Công ty chúng tôi sẽ xin làm thủ tục Hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT). từ năm 2004 đến 2008. khi cơ quan thuế kiểm tra thấy trị giá thanh toán thực tế khác với trị giá trên tờ khai HQ thì có sao không? nếu có thì sẽ bị xử lý như thế nào? Nếu bị xử phạt thì sẽ bị xử phạt bao nhiêu? Rất mong nhận được sự giúp đỡ của Qúy Luật sư!