Căn cứ quyết toán hợp đồng xây dựng có phát sinh công việc

Ngày 22/12/2014, Công ty của ông Huỳnh Văn Sơn (TP Hồ Chí Minh) ký hợp đồng thi công nhà máy chế biến gỗ MDF Kiên Giang. Ngày 17/1/2015, Công ty ký 1 phụ lục phát sinh hạng mục mới thuộc công trình, phụ lục này là một phần của hợp đồng đã ký trước đó. Đến nay, khi Công ty ông Sơn quyết toán các công trình thì có nhiều đầu mục công việc phát sinh lớn hơn 20% khối lượng hợp đồng. Theo hợp đồng đã được ký, phần việc phát sinh lớn hơn 20% khối lượng hợp đồng, hai bên thỏa thuận lại đơn giá. Tuy nhiên chủ đầu tư không đồng ý với lý do đã ký phụ lục phát sinh ngày 17/1/2015 và bắt buộc toàn bộ các khối lượng công việc đều chiếu theo phụ lục đó. Ông Sơn hỏi, chủ đầu tư thực hiện công tác quyết toán như vậy có đúng không? Có văn bản nào hướng dẫn thực hiện trong trường hợp này không?