Thanh tra chuyên ngành là quy định được ghi nhận lần đầu tiên tại Luật thanh tra năm 2004, trước đây Pháp lệnh Thanh tra năm 1990 do Hội đồng Nhà nước ban hành không nhắc tới vấn đề nêu trên.
Thanh tra được hiểu là hoạt động kiểm tra, xem xét tình hình thực tế để từ đó đưa ra những đánh giá, nhận xét nhằm cải thiện, xử lý các sai sót. Trong quá trình thực hiện chức năng quản lý Nhà nước, các cơ quan quản lý Nhà nước nhất thiết phải tiến hành hoạt động thanh tra đối với việc thực hiện các quyết định mà mình đã ban hành. Điều này là hết sức cần thiết giúp phát hiện ra sai sót, vi phạm của tổ chức cá nhân để xử lý. Chính vì vậy, thanh tra được xác định là chức năng thiết yếu của quản lý Nhà nước.
Và thanh tra chuyên ngành được xem là một bộ phân của thanh tra nhà nước nhằm kiểm tra việc việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn – kỹ thuật, quy tắc quản lý thuộc ngành, lĩnh vực đó.