Vi phạm quy định về Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm lần đầu tiên được quy định tại Điều 23 Nghị định 91/2012/NĐ-CP và nội dung này tiếp tục được sửa đổi, bổ sung qua các văn bản sau này.
Sản xuất, kinh doanh thực phẩm tại cơ sở không có giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm theo quy định của pháp luật là một trong những hành vi bị cấm theo quy định của Luật An toàn thực phẩm. Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm ngoài việc bị áp dụng hình thức xử phạt chính (cảnh cáo hoặc phạt tiền ) thì còn có thể bị áp dụng một hoặc nhiều hình thức xử phạt bổ sung. Hiện nay các hành vi vi phạm quy định về Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm diễn ra khá phổ biến, chính vì vậy để đảm bảo việc xử phạt mang tính răn đe thì theo thời gian mức xử phạt tiền đối với hành vi này có xu hướng tăng.